Rafael Arnaiz Barón nació el 9 de abril de 1911 en Burgos, donde también fue bautizado, recibió la confirmación e inició los estudios en el colegio de los Padres Jesuitas, recibiendo por primera vez la Eucaristía en 1919.
Dotado de una precoz inteligencia, ya desde su primera infancia daba señales claras de su inclinación a las cosas de Dios. En estos años recibió la primera visita de la que había de ser su sino y compañera: la enfermedad que le obligó a interrumpir sus estudios.
Recuperado de ella, su padre, en agradecimiento a lo que consideró una intervención especial de la Santísima Virgen, a finales de verano de 1922 lo llevó a Zaragoza, donde le consagró a la Virgen del Pilar, hecho que no dejó de marcar el ánimo de Rafael.
Trasladada su familia a Oviedo, allí continuó sus estudios medios, matriculándose al terminarlos en la Escuela Superior de Arquitectura de Madrid.
Con una inteligencia brillante, Rafael estaba dotado de destacadas cualidades para la amistad. A la vez que crecía en edad y desarrollaba su personalidad, crecía también en su experiencia espiritual de vida cristiana.
En su corazón bien dispuesto, Dios quiso suscitar la invitación
a una consagración especial en la vida monástica. Habiendo tomado contacto con el
monasterio cisterciense de San Isidro de Dueñas –su Trapa– se sintió
fuertemente atraído por lo que vio era el lugar que correspondía con sus deseos
íntimos. Allí ingresó el 15 de enero de 1934.